У микроконтроллеров ATMEGA обозначение ног сделаны только как портов ввода-вывода, хотя все ноги контроллеров несут по 2 и более функции (бывает и 4 и 5).
Т.е. какие-то могут ловить прерывания, какие-то могут работать как АЦП или компаратор, куда-то может тикать таймер, где-то сидит UART (RX/TX), где-то SPI (MOSI/MISO), а куда-то можно кварц цеплять... Это все нужно точно не реже, чем инфа о параллельном вводе-выводе.
Т.к. функций много, то возможно имеет смысл ввести цветовую маркировку по их классам, но это не будет соответствовать ГОСТ. Хотя и удобно на этапе рисования.
Возможно стоило бы ввести 2 режима отображения схемы:
1. ГОСТ - вся маркировка как в справочниках, все ЧБ
2. ФанАрт :) - маркировка классифицирована цветами, отводы шин - разукрашены, элементы тоже можно как-нить красить в зависимости от функ.назначения или номинала.